Der belgische Radprofi Tom Boonen, Gewinner der Flandern-Rundfahrt 2005, konnte auch im Jahr 2006 den Zieleinlauf für sich entscheiden. Der Zielort lag am Sonntag, ebenso wie in allen Jahren zuvor, in Meerbeke. 
Der 24-jährige Boonen gewann die 90. „Ronde“ der Flandernrundfahrt im Sprint. Die letzte Etappe führte über 258 Kilometer durch Ostflandern.